Hajós község nevének keletkezésére többféle magyarázatot adnak. Az egyik szerint a sváb telepesek Dunán történő érkezése miatt a környező falvak lakói nevezték el őket hajósiaknak. A másik ismert magyarázat szerint, a község neve onnan származik, hogy a falu mai területén egy vízfolyás vezetett, amely lehetővé tette a halászatot, illetve a hajózást. De közszájon forog egy harmadik magyarázat is. A török megszállás előtt ez a terület bizonyos Hajósy családé volt. Ez a szóbeszéd igaznak bizonyult, mert számos írásos dokumentumok is alátámasztja. Ez első okleveles adat 1366-ból való. A dokumentumban a település neve Hayós. De későbbi 1420-ból, 1433-ból és 1465-ből származó írásokban is ezen a néven szerepel.
A faluközösség korai életéről kevés adat maradt ránk annyit tudunk hogy a török hódoltság előtt vásártartási joggal rendelkezett. Az ország három részre szakadásakor bár nem lakatlan, de nagyon gyéren lakott ez a vidék. Arról azonban tudunk, hogy a község lakói 1543. és 1680 között tizedet fizettek. 1690-ből származó dokumentum egy elnéptelenedett településként említi meg. 1722-ben itt talált megélhetést, boldogulást, azaz első 25 sváb telepes család, akit az akkori kalocsai érsek gróf Csáky Imre hívott be a török idő után elnéptelenedett országrészre. A betelepítés 1770-ig folyt általában Bussen-berg környékéről, a mai Baden-Würtenberg tartományból.
A község mai területét mocsaras-vizes rétekkel váltakozó tölgyes boríthatta, a 18. században, ami vadban gazdag volt. A falut két patak partjára építették, ez egyik mellett működött az érseki vízimalom. 1728-ra felépül a templom. Írásos dokumentumok szerint az 1732-ben már mintegy 122 család élt a településen. Még csak 1739-et írunk, amikor az érsek gróf Patachich Gábor a templom mellé a falu egyik legjelentősebb épületét emelteti a vadászkastélyt. Az épület pihenő-, mulató-, szórakozó-, helyül szolgált. Ide jártak vadászni a közeli vadaskertbe az érsek vendégei és a főurak. A Vadaskert mára beépült, csak az utcanevek viselik a történelmi múltját. Egyébként a község ebben az időben kedvelt tartózkodási helye volt a kalocsai érseknek és más egyházi személyeknek is. Itt szentelik fel 1752-ben a Kalocsán végzett kispapokat, sőt ebben az esztendőben püspökavatásra is sor került Hajóson.
Az intenzív egyházi, vallási, politikai élet következtében a település egyre jelentősebb helyet vívott ki magának a környéken. Ezt támasztja alá az is, hogy a község 1756-ban, Mátyási Ferenc jegyzőségének első évében vásártartási és mezővárosi jogot kapott. 1767-ben a vadászkastélyhoz tornyok épülnek. A 18-19. században, gyakori belvízi problémákkal küszködött a település, ez a Duna szabályozásával oldódott meg. A század végére már vásárvárosi rangot kapott a település. 1930-as évektől az érseki uradalom, a falu fejlődését gátoló erdőket kitermelte, majd felparcellázta házhelyeknek. Ezeket kedvező áron értékesítette a lakosság felé és ezzel kezdetét vette minden korábbinál intenzívebb településfejlődés. Akkortájt járta a szólás, "ha nem jön a háború tán, még a dusnoki (szomszéd település) templomot is megveszik a hajósiak".
II. Világháború után a település fennállásának legnagyobb csapása következett, ami kezdőik a svábok kitelepítésével, majd a felvidéki magyarok betelepítésével. A kezdeti nehézségek után amik az idetelepített, más kultúrához szokott felvidékiek, valamint az őslakos sváb lakosok között alakultak ki, szép lassan ráébresztette az itt élőket, hogy előre tekintve a múlt sérelmeit félretéve a közös jövőért kell dolgozni. Hajós is, mint az ország településeinek nagy része, a hatvanas évektől számítva mind jobban gazdagodva, gyarapodva kialakította új arculatát a településnek.
Napjaink legnagyobb problémája az értelmiségi fiatalok Hajóson tartása. Elmúlt tíz évben 300-400 fővel csökkent a falu lakossága. Napjainkba a nagyközségben 3.500 lakos él.
A Duna régi medre /Vajas/ árterületének kiemelkedésén települt községtől keletre húzódó földalatti törésvonal egy agyagos dombvonulatot alakított ki, elválasztva egymástól két talajtípust. A lösz, amely alkalmas a szőlő- és gyümölcstermesztésre, és a kötöttebb talajt, amin főként takarmánynövényt termesztenek a helybeliek. Hajós község neve elválaszthatatlanul összefonódott a pincékkel, a javarészt fehérre meszelt falu, apró házakkal, amelyek a településtől másfél kilométerre emelkednek a löszhátakon.