1990-ben a az Alföldi borvidék egy részéből jött létre Hajós-Vaskúti borvidék. Mivel a vaskúti szőlőtermelés a 90-es évek közepére jelentősen visszaesett. Napjainkban már alig van kiterjedt szőlőültetvénye, ezért a Hegyközségi Tanács 1996-ban kéréssel fordult a Földművelésügyi Miniszterhez, hogy változtassa meg a borvidék nevét Hajós-Bajai borvidékre, így 1997-től már ezen a néven szerepel. Ezzel tulajdonképpen kettős célt akartak elérni. Egyrészt a terület ismertségét is akarták erősíteni, mivel Baja város, mint a környék kulturális, kereskedelmi és oktatási központja, mindenki által ismert. Másrészt jelentős ültetvények vannak Baján, a bajai borok pedig mindig híresek voltak. Ezzel a törekvéssel Baját, mint várost is szeretnék olyan rangra emelni, amelyet méltán megérdemel.

Az 2.000 ha termőszőlőt a borvidékhez tartozó 12 településen évszázadok óta termesztik. Az elmúlt században itt termelték az ország legfűszeresebb hazai borait. Jelentős volt emellett az olaszrizling, a kövidinka, a sárfehér szőlőkből készített borok. A borvidék öt településén élő németajkú lakosság magával hozta a szőlőművelés és borkészítés szeretetén túl az őshazában termesztett fajtákat is, így került e vidékre a kékfrankos és a rajnai rizling. A Hajós-Bajai borvidék szőlészeti és borászati színvonala kiemelkedő volt minden időben. A borvidék talaj és éghajlat adottságai és a tengerszint feletti magassága alapján inkább a Szekszárdi borvidékhez hasonlít, mint az Alföldön lévő szőlőterületekhez, hiszen e területek a Tolnai Dombság lefutásának részei, amit csak a Duna szel ketté.

Hasonlít a Spanyolországban lévő Douro folyó által kettészelt borvidékre. A Hajós-Bajai borvidék a Duna-Tisza között található. Természetes tájai a Duna menti síkság déli része, a Bácskai homokhát, valamint a Bácskai lösztábla északi része. Ez a termőtáj mindig is különbözött az általános alföldi termőtájtól, hiszen az itteni szőlők nem homokon termettek, hanem elsősorban lepelhomokkal fedett agyagtalajon, de helyenként lösztalajon. A homokréteg vastagsága a talaj termékenysége szempontjából meghatározó. A vékony rétegű lepelhomokkal fedett talaj a legkedvezőbb a mezőgazdasági növények számára. A térség szőlőtermesztését a talajtípuson kívül a klimatikus tényezők is jelentősen befolyásolják. A klimatikus tényezők közül melyek hatással vannak a szőlőre: a napsütés időtartama, a levegő hőmérséklete, valamint a lehullott csapadék mennyisége.

Országos viszonylatban elmondható, hogy mind a napfénytartam, mind a napsugárzás havi és évi összege a Hajós-Bajai borvidék területén a legmagasabb. Az évi nappali megvilágítás időtartama 4406,43 óra, a tényleges napsütéses időszak viszont egész évben 2076 óra. Az észlelt és lehetséges napfénytartam közötti arány alapján a tenyészidőszakban a nappali megvilágítás 55,6% alatt van. Magyarország szőlőtermő tájain a napfénytartam évi összege sokéves átlagban 1800-2070 óra. Ebből látszik, hogy e borvidék leggazdagabb napfényben. A szőlőnövény fényigényét figyelembe véve megállapítható, hogy a térség a fehérbor-szőlőfajtákon kívül, kiválóan alkalmas a vörösbort adó szőlőfajták termesztésére is. A másik fontos tényező a hőmérséklet. A borvidéken az évi középhőmérséklet sokéves átlagban 10, 5 oC, vegetációs idő alatt viszont 16, 2 oC. Az ebből számított teljes hősszeg 3477, 7 oC , a hatásos hősszeg pedig 1337,7 oC. a szőlőtermesztéshez szükséges minimális teljes hősszeg 2500 oC, a minimális hatásos hősszeg viszont 1000 oC, az évi középhőmérséklet pedig 9-21 oC között kell, hogy legyen. Magyarországon az évi középhőmérséklet 10 oC körül van. A harmadik tényező a lehullott csapadék mennyisége. A borvidéken évente sok éves átlagban 599 mm, a vegetációs időben viszont 396 mm csapadék hull a szőlőre. Legcsapadékosabb hónap a május 66 mm-rel, ami 15,1 nap alatt esik, és a június 65 mm-rel. E két hónapban hullik le az évi csapadék 21,7%-a. Figyelembe véve az évi csapadék mennyiségét mondható, hogy a szőlőnövény e térségben eredményesen termeszthető, mert a szőlőnövény közepes vízigényű, és átlagban 500-600 mm csapadékot igényel. Ezek a feltételek itt biztosítva vannak.

A termőtáj és az éghajlat mellett még kedvező hatással van a szőlőnövényre a tengerszint feletti magasság is. A Hajós-Bajai borvidék átlagban 30-40 m-rel magasabban fekszik mint a környező vidékek, de például a Kékhegy, ami Baja mellett található, 161 m magas. Ez megmutatkozik a tavaszi fagyoknál, amikor a nem messze lévő Kiskunsági szőlőültetvény lefagy, a Baja és Hajós környéki szőlők viszont épek, egészségesek maradnak. Ezek összegében a Hajós-Bajai borvidék méltán híres a bársonyos, lágy, tűzes vörösboráról és fehérboráról. Fajtaszerkezetben a hagyományos alföldi fajták mellett már a számottevő a Chardonnay, a Rajnai rizling, a Cserszegi fűszeres illetve a Kékfrankos, a Zweigelt, a Kékoportó, a Cabernet sauvignon terület is. A hajósi vörösborok gyakran a legjobb hegyvidéki vörösborokkal is felveszik a versenyt.